《方案》指出，秦岭生态修复工作以保护优先、因地制宜、可行性、自然修复和人为措施相结合、“谁审批谁监管、谁主管谁监管”等为基本原则。划定生态红线，严格红线管理，生态红线范围内实施以自然修复为主的生态修复措施。按照生态功能区划的要求，科学划分生态功能区域，按照区域功能，根据不同区域、不同自然环境，区域差异性和特殊性要求，确定生态修复方案，因地制宜开展生态修复。在实施生态修复时，应有一定的物力、人力和财力保证，合理统筹前期准备工作和后期的管护，大限度降低治理成本;在生态修复过程中实施的技术措施在实践操作中具有可行性。
同时，生态修复应按照自然修复为主，人工修复为辅的思路，保留原有生物群落及其栖息地，充分发挥生态系统的自我调节能力。生态破坏严重的区域，采取人工修复措施，促进自然修复。对秦岭生态保护区范围内，由于项目建设造成的生态破坏，依据“谁审批谁监管、谁主管谁监管”原则落实生态修复监管职责。